Esta disposición seguía la doctrina establecida hace mucho tiempo sobre derecho internacional de que cuando un cambio en el curso de un río fronterizo es causado por depósitos de aluvión, la frontera cambia con el río, pero si los cambios son debidos a avulsión, el antiguo cauce sigue siendo la frontera.

Estados Unidos rechazó la propuesta, con el argumento de que no se cumplían los acuerdos del arbitraje, alentando una disputa entre los dos gobiernos y fomentando la mala voluntad.

En cierto modo era una isla perteneciente a México dentro de Estados Unidos, por lo que había poco control sobre el territorio.

La disputa siguió afectando las relaciones México-Estados Unidos hasta que John F. Kennedy aceptó establecer la frontera con base al arbitraje de 1911.

El 25 de febrero de 1964, los presidentes Adolfo López Mateos y Lyndon B. Johnson se reunieron en la frontera para terminar oficialmente con la disputa; el mandatario estadounidense hizo una entrega simbólica del sitio al mandatario mexicano.

En octubre de 1967, Johnson se reunió con el presidente Gustavo Díaz Ordaz en Ciudad Juárez para formalizar la entrega.

Pero a las tres semanas, al no haberse hecho la entrega física de El Chamizal, un pequeño grupo de mexicanos encabezados por el arquitecto Pedro Moctezuma Díaz Infante tomó posesión del territorio "a las doce de la noche transportados en furgonetas llegamos a la existente frontera del país en el área que ya era mexicana.

Los vehículos se ubicaron en un semicírculo y con sus faros iluminaron helecho de hincar una simbólica Bandera Nacional..sin previo acuerdo, los asistentes entonamos el Himno Nacional, hecho que nos llegó hondo".

Durante la reintegración del predio al territorio nacional, los presidentes Adolfo López Mateos y Gustavo Díaz Ordaz, y el entonces gobernador de Chihuahua, Óscar Flores Sánchez, se comprometieron con Manuel L. Cardona, presidente de la Sociedad Chihuahuense de Estudios Históricos y René Mascareñas Miranda, en representación de la población juarense, a asegurar que ‘El Chamizal’ sería destinado únicamente al ámbito educativo, cultural y deportivo.