Después de la coronación del rey Gustavo Vasa en 1524, el partidario líder Nils Dacke encabezó una rebelión.

Dacke más tarde fue asesinado por el ejército Real y las partes de su cuerpo desmembrado se colgaban en lugares públicos como una advertencia a cualquier intento de rebelión.

Durante la Guerra Nórdica de los Siete Años, en 1568, Eksjö fue arrastrado hasta el suelo.

Como muchas otras ciudades suecas Eksjö se vio afectada por un incendio en el siglo XIX, y más de la mitad de la ciudad que fue quemada en 1856.

La ciudad está hermanada con Neusäß, Schneverdingen, Barlinek y Ærøskøbing.