[5]​[6]​ El Gobierno de Irán tuvo mucho cuidado en mantener la matanza en secreto y oficialmente niega que haya tenido lugar, aunque debido a la gran escala de la operación algunos detalles fueron conocidos gracias a los sobrevivientes.

[7]​ Poco después de que comenzaron las ejecuciones, el líder iraní Ruhollah Jomeini emitió «una orden secreta, pero extraordinaria; algunos sospechan una fatwa formal».

Fueron entrevistados por las comisiones, con una lista predeterminada de preguntas para ver si calificaban como moharebs o como mortads.

Las puertas de las prisioneros fueron cerradas; las visitas y llamadas telefónicas fueron canceladas; las cartas, paquetes e incluso medicinas vitales del exterior fueron devueltas; las principales cortes salieron de vacaciones no programadas.

Se ordenó a los guardias y trabajadores de las prisiones no hablar con los prisioneros.

Un prisioneros construyó una radio casera para escuchar las noticias del exterior, pero encontró con las emisores no decían nada sobre el encierro.

[14]​ Otros estiman los ejecutados en 'miles', con tantos como 1.500 solo en la prisión de Gohar Dasht.

Asimismo, acusó a la Comisión Especial por «violar el Islam al ejecutar a arrepentidos y menores de edad que en una corte regular habrían recibido una simple reprimenda».

[19]​ El régimen publicó cartas entre los dos ayatolás, pero «el extracto [publicado] trataba solamente del caso Hashemi y evito escrupulosamente las ejecuciones en masa; por tanto, mantuvo la línea oficial de que estas ejecuciones nunca tuvieron lugar.»[20]​ Una crítica contra los asesinatos en masa se centró en que casi todos los prisioneros ejecutados habían sido arrestados por delitos relativamente menores, dado que quienes habían sido acusados de cargos más graves ya habían sido ejecutados.

[25]​ Por su parte, Ervand Abrahamian cree que la «dinámica interna del régimen» fue responsable: la necesidad por «un pegamento» para mantener «juntos a sus dispares seguidores» y un «baño de sangre» para «purgar» a moderados como Montazenir y prevenir cualquier «alianza con Occidente» en el futuro al destruir su legado.

[26]​ En particular, las matanzas destruyeron los nexos, o posibilidad de nexos, entre los populistas en el movimiento de Komeini por una parte y los izquierdistas, islamistas y seculares no-komeinistas, por la otra.