Su creación fue consecuencia de una reorganización de la organización político-militar Montoneros realizada en 1975, que separó las funciones políticas y militares en dos organizaciones diferentes, aunque supeditando la rama militar a la conducción política.

El Ejército Montonero fue comandado desde su creación hasta su disolución por Mario Firmenich.

Sus integrantes usaban uniformes y tenían grados según su jerarquía en la cadena de mandos militar.

Montoneros, que se consideraba parte del movimiento peronista, consideró en ese momento, luego de la huelga general y la movilización sindical contra el Rodrigazo, en junio de 1975, durante la presidencia constitucional de María Estela Martínez de Perón, que el peronismo se había agotado como movimiento popular histórico, y que dicho lugar iba a ser ocupado por el movimiento montonero.

[11]​[12]​ En los años 1979 y 1980 realizó dos controvertidas contraofensivas, que fracasaron, luego de lo cual su actividad se redujo casi hasta desaparecer.