Tras un paro nacional organizado por la UNE, hizo despedir a 8 profesores públicos que eran dirigentes del sindicato.

Durán-Ballén envió una terna al Congreso para conseguir a su reemplazo, esta terna fue encabeza por Peña, también constaban el ministro de Obras Públicas, Pedro López y el vocal de la Junta Nacional Monetaria Raúl Gangotena.

Como vicepresidente, Peña actuó en total acuerdo con el presidente Durán-Ballén, lo asesoró en los más importantes asuntos del gobierno.

En la delicada situación del país a raíz del conflicto con el Perú, estando las negociaciones estancadas por las irreductibles posiciones de las partes, Peña sugirió que los garantes pudieran intervenir para facilitar el diálogo y así se le propuso a la delegación peruana, que aceptó el planteamiento.

También colabora como columnista del diario guayaquileño El Universo[4]​ y sigue siendo asesor de seguros.