En el 2003 su carrera fue decayendo gradualmente debido a una luxación en su hombro durante un partido contra Boca Juniors donde Rolando Schiavi lo impacta con un topetazo en la Copa Libertadores del 2003 haciéndolo perder la titularidad contra Claudio Bravo.

[1]​ En el equipo ruso permanece por seis años donde logró llegar a disputar dos partidos de la Copa UEFA.

[5]​ Tras tener un regular cometido en el cuadro porteño donde sufrió una grave lesión al hombro y luego debió disputar la liguilla de promoción intenta negociar su permanencia en el puerto pero finalmente debe regresar al club dueño de su pase que es Colo-Colo.

[14]​ Disputó el Campeonato Sudamericano Sub-20 de 2001 jugado en Ecuador donde se vistió de goleador, ya que el técnico Héctor Pinto no pudo contar con 5 jugadores suspendidos por lo cual debió hacer ingresar a Lobos como delantero en el tramo final del partido.

Con ese resultado Chile pudo clasificar a la siguiente fase del torneo.