Eduard Zeller nació en 1814 en Kleinbottwar (Steinheim an der Murr, distrito de Ludwigsburg).

Por decreto del gobierno tuvo que trasladarse a la Facultad de Filosofía.

Durante este periodo en Marburgo fundó, junto a Heinrich von Sybel, una institución benéfica que proporcionaba a los pobres de la ciudad alimento y otros bienes de primer orden.

En 1862 llega a Heidelberg como profesor extraordinario de Filosofía, donde permanece durante los siguientes diez años.

Su discurso inaugural en esta universidad llevó por título «Über die gegenwärtige Stellung und Aufgabe der deutschen Philosophie» («Sobre la situación actual y la tarea de la filosofía alemana»).

En 1877 le fue concedida la orden Pour le Mérite für Wissenschaft und Künste; también en este año su escrito Die Sage von Petrus als römischen Bischof sufrió la condena e inclusión en el Índice de Libros Prohibidos de la Iglesia católica.

[2]​ Con su discípulo Ludwig Stein fundó en 1888 la hasta hoy publicada y ampliamente reconocida revista científica Archiv für die Geschichte der Philosophie.

Su primera contribución en esta serie llevaba el título «Die Geschichte der Philosophie, ihre Ziele und Wege» («La historia de la filosofía, su meta y camino»).

Como muchos de sus contemporáneos, comenzó afiliándose al hegelianismo, pero posteriormente desarrolló un sistema propio.

Esta extraordinaria y rica obra comprensiva fue la primera en tratar la historia de la filosofía griega con precisión metodológica.