Era hijo del botánico Ludwig Fischer (1828-1907) y de Mathilde Berri.
Estudia en Berna y en Estrasburgo y obtiene su doctorado en 1883.
Estudia con Simon Schwendener (1829-1919), August Wilhelm Eichler (1839-1887) y con Paul Friedrich August Ascherson (1834-1913) en Berlín entre 1884 a 1885.
Para esa fecha, sucede a su padre en la dirección del jardín botánico de Berna.
Fischer fue autor de Die Uredineen der Schweiz (Las Uredineen de Suiza), que fue una parte de Beiträge zur Kryptogamenflora Scheiz (Contribuciones a la Flora de criptógamas de Scheiz) (1904), con Ernest Albert Gäumann (1893-1963) Biologie der pflanzenbewohnenden parasitischen Pilze (Biología de los hongos parásitos Pilze) (1929).