Tras trabajar como profesor de ciencias desde los dieciocho años, Simon Schwendener acudió a la Universidad de Zúrich para continuar su formación en botánica en 1853.
En esta Universidad comenzó sus investigaciones sobre líquenes, independientes del trabajo realizado para la institución, a partir de extenso herbario que poseía Nägeli.
Junto a este investigador realizó también importantes estudios sobre microscopía y sus aplicaciones en el estudio de plantas e investigaciones sobre los movimientos de la savia en los tejidos vegetales.
El 10 de septiembre de 1867 Simon Schwendener hizo público sus descubrimientos sobre la naturaleza dual de los líquenes, esto es, que estos organismos que hasta entonces eran considerados plantas estaban compuestos por la simbiosis entre un hongo y un alga microscópica o una cianobacteria.
Esta teoría, muy debatida y cuestionada durante años ponía fin a los largos debates sobre la naturaleza real de estos organismos y abría el campo a nuevas investigaciones aún hoy día en desarrollo.