Era padre del botánico Eduard Fischer (1861-1932), e hijo de Gottlieb Fischer (director de Correos) y de Henrietta von Graffenried.
Estudió en Berna farmacia y en Besigheim, Ginebra, donde se licenció en 1852, el examen estatal.
Estudió botánica en Jena, Berlín y Zúrich, donde recibió su doctorado en 1852.
Luego trabajó siete años como profesor en la Universidad de Berna, hasta que fue nombrado en 1860 director del jardín botánico y profesor asociado.
Más recientemente, fue profesor en 1863 y 1897 de botánica.