Defensa central tapatío surgido de la cantera de los Diablos Rojos, debutó con Toluca en el Torneo Clausura 2004, con el paso del tiempo se ha convertido en un referente de la defensa escarlata, a la fecha ha conquistado los títulos del Apertura 2005, 2008 y Bicentenario 2010.
Edgar Dueñas debutó en la Primera División de México con el Toluca dirigido por Ricardo Ferretti para el Torneo Clausura 2004 en la jornada 1 ante el Atlante, en esta temporada se va afianzando como titular de la saga defensiva del equipo escarlata para que en el torneo apertura 2005 de la mano del entonces director técnico Américo Rubén Gallego consiguiera alzar su primer campeonato del fútbol mexicano derrotando al Monterrey en una final trepidante desde el partido de ida disputado en el estadio Nemezio Diez con un marcador de 3-3 pero para el partido de vuelta ganando por un marcador de 0-3 favor Toluca con dos goles de Vicente Sánchez y uno más por parte de Rodrigo Ezequiel Díaz.
Edgar Dueñas junto con el paraguayo Paulo Da Silva formaron la defensa impenetrable del fútbol mexicano para obtener su segundo título de liga en el Torneo Apertura 2008 consiguiendo además del trofeo de campeón una distinción grupal de un récord de 772 sin recibir gol.
[3] Más tarde, todos los jugadores fueron exonerados ya que la FIFA determinó que el acusado había ingerido la sustancia prohibida a través de carne contaminada que se había servido inadvertidamente durante un campo de entrenamiento previo al torneo.
[4] Sin embargo, la Agencia Mundial Antidopaje apeló al Tribunal de Arbitraje Deportivo para solicitar una prohibición.