A pesar de que al-Ándalus tuvo una importancia clave para la sociedad judía durante la Alta Edad Media, generando importantes figuras y una de las comunidades judías más ricas y estables, no existe acuerdo entre los académicos acerca de si esta convivencia entre judíos y musulmanes era realmente un parangón de convivencia interreligiosa, o si, en el fondo, el tratamiento que recibieron fue similar al que les fue dado en otros lugares durante la misma época.
María Rosa Menocal, especialista en literatura ibérica en la Universidad de Yale, ha comentado que "la tolerancia era un aspecto inherente a la sociedad andalusí".
Muchos judíos del resto de Europa emigraron a al-Ándalus, donde convivían con tolerancia.
[4] Esta visión no fue puesta en duda hasta que fue adoptada por los árabes como "un arma propagandística contra el sionismo",[5] para mostrar que el establecimiento del moderno Estado de Israel destrozó la supuesta armonía entre judíos y árabes existente en Palestina bajo el Imperio otomano.
Alegan que esta visión idealizada de los historiadores judíos del siglo XIX fue recogida por los musulmanes árabes después de 1948 como "un arma árabo-islamista en lo que básicamente es una lucha ideológica y política contra Israel" e ignora "un catálogo menos conocido de masacres y odios", incluyendo los pogromos contra los judíos en Córdoba en 1011 y en Granada en 1066.
Según esta historiadora hay que tener presente que hasta al menos el siglo XI las conquistas islámicas no fueron guerras de conversión, sino guerras destinadas a establecer el dominio político y obtener un botín y después impuestos.
Especialmente después del año 912, durante el reinado de Abd-al-Rahman III y su hijo, Al-Hakam II, los judíos prosperaron, dedicándose al servicio del Califato de Córdoba, al estudio de las ciencias, y al comercio y a la industria, contribuyendo a la prosperidad del país.
Durante un tiempo, los judíos disfrutaron de una autonomía parcial como dhimmíes, sometidos al pago de un impuesto personal llamado yizia, que se administraba por separado del zakat que pagaban los musulmanes.
Los almorávides fueron expulsados de la Península en 1148, pero su lugar sería ocupado por los almohades, quienes eran, incluso, más puritanos.
Durante el reinado de estas dinastías bereberes, muchos judíos, e, incluso, algunos eruditos musulmanes se vieron obligados a abandonar Al-Ándalus y emigraron hacia Toledo, la cual había sido reconquistado en 1085 por fuerzas cristianas.
La presencia judía en la Península continuaría hasta la expulsión forzosa decretada por los cristianos en el Edicto de la Alhambra, en 1492, y, por la Inquisición portuguesa en 1497.