Por este hecho la hermandad pasó a ser conocida como Junta de San Millán.

En el siglo XIX la antigua hermandad se convirtió en el actual municipio de San Millán.

El nombre vasco del municipio Donemiliaga está formado por done, una contracción del latín domine (señor), que se utilizaba antiguamente en lengua vasca para indicar nombres de santos, Aemilia(nus) y el sufijo -aga que indica "lugar de".

Donemiliaga es la forma documentada en lengua vasca del nombre romance San Millán.

Las dos poblaciones de San Millán más alejadas entre sí son Ullíbarri-Jáuregui y Galarreta, separadas por 20,5 km.

La zona situada al sur del municipio está accidentada por las montañas de la Sierra de Entzia, con cumbres como San Román o Ballo (1197 m); en esta zona es donde nace el río Zadorra.

Finalmente, hay un exclave que incluye los concejos de Txintxetru, Adana y Ullíbarri-Jauregi cuya orografía se caracteriza por la Llanada Alavesa en suave ascenso hacia las sierras del sur, que no superan los 1000 metros de altitud.

Solían tomar el nombre de la población más importante que formaba dicha hermandad.

Las poblaciones restantes de San Millán, es decir Adana, Chinchetru, Ocáriz y Ullíbarri-Jáuregui se integrarían posteriormente en la hermandad.

De hecho el nombre Ullíbarri significa en el antiguo dialecto alavés del euskera villanueva.

En el siglo XIX, con la reforma municipal, la hermandad se transformó en municipio, convirtiéndose sus pueblos en alcaldías pedáneas o concejos.

Los principales cultivos del municipio son los cereales, la patata y el forraje para el ganado.

Este sector es prácticamente inexistente dentro del municipio, donde apenas hay un albergue, un restaurante y un hostal-restaurante (situado al borde de la autovía N-I).

La población se halla distribuida de manera bastante uniforme entre las 15 aldeas que componen el municipio.

En los últimos años 25 años se ha recuperado parcialmente el uso del euskera gracias a su introducción en la enseñanza y a su carácter cooficial, por ello parte de la población, especialmente en el sector más joven, es actualmente bilingüe.