Lothar era el hijo menor del Conde Leopold Wilhelm von Königsegg-Rothenfels y de Maria Polyxena, Condesa Scherffenberg.
A la edad de 16 años Lothar se convirtió en capitular en Salzburgo y Passau.
Pero Lothar no quiso convertirse en sacerdote, abandonó Roma y se unió al ejército imperial que estaba luchando contra los turcos en Hungría en ese tiempo.
Los austriacos sufrieron una derrota y Königsegg fue obligado a dimitir de todas sus funciones militares.
Fue rehabilitado cuando María Teresa ascendió al poder y se convirtió en Oberst-Land- und Hauszeugmeister.
En 1744 tomó las armas una vez más y se convirtió en comandante supremo de las tropas en los Países Bajos Austríacos.