El distrito fue creado mediante Ley N° 27195 del 5 de noviembre de 1999, en el gobierno del presidente Alberto Fujimori.
[2] Según el escritor Armando Rebatta Parra, la historia verdadera del pueblo de San Juan que se convirtió en distrito, se remonta hacia los años 1930 aproximadamente, tiempos del auge de las haciendas, del caucho y la balata.
El 17 de noviembre de 2002 se realizaron las primeras elecciones municipales distritales, siendo elegido Jorge Luis Monasí Franco.
[3] Punchana está ubicada en el norte de Iquitos, asentada urbanamente sobre la Gran Planicie y se extiende políticamente en una gran extensión de 1,573.390 km², albergando prominentemente al río Amazonas por su septentrión.
El cuadro muestra los centros poblados rurales que pertenecen al distrito de San Juan Bautista.