Ciudad Eten se ubica en el valle del río Reque, sobre un área de configuración topográfica plana.Además, hacia el noreste se presentan pequeñas depresiones, la ciénaga.[3] El clima durante el verano es fresco y húmedo, debido a la proximidad del mar.Son escasos, al ser la mayoría de sus suelos desérticos y salitrosos, poco aptos para la agricultura.La flora natural presenta especies como sauce, pájaro bobo, carrizos, totora, hinea, grama salada, chopes, etc.