Muñoz Duque tenía en la mira la posibilidad de que estas zonas pastorales se convirtieran en un futuro en diócesis independientes, para así procurar una mejor atención pastoral y administrativa en las áreas donde el aumento de la población y el desarrollo urbano lo requería, para lo cual, presentó un proyecto a la Santa Sede para tal fin.

En ese mismo año, Muñoz creó en el noroccidente de la ciudad de Bogotá la vicaria de la Sagrada Eucaristía, en ese entonces con 21 parroquias, y como su primer vicario nombró al presbítero Carlos Sánchez Torres.

Ya para el 2002 la arquidiócesis de Bogotá llegó a tener más de 6 500 000 feligreses y más 340 parroquias, aumentado la complejidad pastoral.

La diócesis de Engativá fue erigida mediante la bula Ad efficacius providendum,[4]​ inicialmente con 48 parroquias.

Además, según bula Cum primus praeficiendus expedida en esa misma fecha, se nombró como obispo de la nueva jurisdicción a Héctor Gutiérrez Pabón, quien tomó posesión el 21 de septiembre de 2003.