Felipe II le nombró su consultor, predicador y teólogo.

[2]​ Fue gran amigo y consejero del célebre Ruy Gómez de Silva, príncipe de Éboli, y residió mucho tiempo en Portugal.

Al regresar a España se le ordenó retirarse a Salamanca y permanecer confinado en Toro, parece que por sus diferencias en el seno de la orden con el padre Fresneda, obispo de Cuenca y confesor del rey; sin embargo, comprobada su inocencia, volvió a Salamanca en 1573,[2]​ y entonces tuvo un tropiezo con la Inquisición por sus Enarrationes sobre el Evangelio de San Lucas (Salamanca 1574-75).

Allí falleció poco después, en conflicto con autoridades franciscanas, la Inquisición y el propio Felipe II, por unas críticas vertidas sobre la construcción de El Escorial.

En la Inglaterra isabelina se llegó a producir una pequeña guerra de ediciones católicas clandestinas y otras anglicanas adaptadas.