De esos datos se puede deducir que era sacerdote aunque no monje ni religioso.
Lo revisó con detenimiento y elaboró una lista de errores que mostró al cardenal Cisneros.
[6] Zúñiga no escribió a Erasmo sino que publicó directamente sus críticas tras la muerte del purpurado.
Además, y más delicado todavía, según Zúñiga, Erasmo minaba con su obra los fundamentos de la teología católica.
Tomó algunas partes de esta apología para la tercera edición del Novum Testamentum aunque sin mencionar a Zúñiga en ella (cosa que luego le recriminaría).
Envió el escrito al papa para obtener su aprobación, pero León X le impidió mandarlo a imprenta.
Y entretanto, mientras el papa Adriano se dirigía a Roma para asumir el pontificado, Zúñiga publicó todavía un libelo contra Erasmo tomando como punto de partida el hecho de que Erasmo negaba la sacramentalidad del matrimonio, teoría que compartía con Lutero y que, según Zúñiga, éste había tomado de aquel.
En 1530 escribe todavía una carta al papa Clemente VII para pedirle que no siga la vía del Concilio para acabar con la herejía de los protestantes.