En 2024 en la diócesis existían 27 parroquias agrupadas en 6 vicarías foráneas: Ubicación: Conformada por las siguientes parroquias: La parroquia abarca casi en su totalidad el distrito de San Isidro de El General, además de una gran parte del distrito de Páramo.

Sus filiales se organizan en los siguientes sectores: La parroquia abarca casi la totalidad del distrito de Rivas, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia abarca en su totalidad el distrito de El General, además de dos comunidades del distrito de Cajón y una de Daniel Flores, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia abarca la totalidad del distrito de Barú, además de 3 comunidades de San Isidro de El General, organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia abarca la totalidad del distrito de Río Nuevo y una gran parte de Páramo, organiza sus filiales en los siguientes sectores.

Organiza sus filiales en los siguientes sectores: Ubicación: La Parroquia abarca la parte norte del distrito de Daniel Flores, zona muy urbana ya que es la zona del distrito más cercana a la ciudad de San Isidro de El General, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia abarca la zona sur del distrito de Daniel Flores, además de tres comunidades del distrito Cajón y una de Platanares, organiza sus filiales en los siguientes sectores: La Parroquia abarca casi la totalidad del distrito de Platanares, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia abarca la totalidad de los distritos de Pejibaye y La Amistad, además de 8 comunidades del cantón de Buenos Aires, 4 del distrito Pilas y 4 del distrito Colinas, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia abarca la totalidad del distrito de San Pedro, además de la gran mayoría del distrito de Cajón, organiza sus filiales en los siguientes sectores: Ubicación: Está conformada por las siguientes parroquias: La parroquia abarca el cantón de Tarrazú, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia abarca el cantón de Dota, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia abarca el cantón de León Cortés Castro, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: Ubicación: Conformada por las siguientes parroquias: La parroquia abarca en su totalidad los distritos de San Vito y Limoncito, y pequeñas partes de Gutiérrez Braun y de Chánguena y Potrero Grande en Buenos Aires, y organiza sus sectores en los siguientes sectores: La parroquia abarca la totalidad del distrito Agua Buena, y pequeñas partes de Sabalito y Corredor, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia abarca la gran mayoría del distrito de Sabalito, y una pequeña parte de Gutiérrez Braun, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia abarca la totalidad del distrito Pittier, y la gran mayoría de Gutiérrez Braun, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: Ubicación: Está conformada por las siguientes parroquias: La parroquia abarca en su totalidad los distritos de Buenos Aires, Volcán, Brunka y una pequeña parte de Potrero Grande, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La Parroquia abarca en su totalidad el distrito de Biolley, y la gran mayoría de Potrero Grande y Chánguena, y organiza sus filiales en los siguientes sectores: La Parroquia abarca casi la totalidad del distrito Boruca, la gran mayoría de Pilas y Colinas, y una pequeñas parte de Potrero Grande.

Organiza sus filiales en los siguientes sectores: Ubicación: Está conformada por las siguientes parroquias: Organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia organiza sus filiales en los siguientes sectores: Abarca el cantón de Puerto Jiménez, así como el distrito de Bahía Drake de Osa, organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia organiza sus filiales en los siguientes sectores: La parroquia organiza sus filiales en los siguientes sectores: La diócesis fue erigida el 19 de agosto de 1954 con la bula Neminem fugit del papa Pío XII, obteniendo el territorio de la arquidiócesis de San José de Costa Rica y de la diócesis de Alajuela.

Dentro del territorio diocesano se pueden ubicar las siguientes congregaciones religiosas: