En 2021 en la diócesis existían 66 parroquias agrupadas en 6 zonas pastorales o foranías: Beata Vergine Maria della Coltura, Sant'Agata, Santa Maria, Madre della Chiesa, San Giuseppe da Copertino, San Gregorio Armeno y Santissimo Crocifisso.

Según la "tradición petrina",[nota 1]​ la ciudad de Gallipoli fue adornada, desde los primeros tiempos del cristianismo, con la silla episcopal por el mismo apóstol Pedro quien, pasando por Gallipoli en su viaje a Roma, después de haber fundado la diócesis, dejó la joven Iglesia a su discípulo san Pancracio, quien luego se trasladó a Sicilia, sufriendo el martirio en Taormina.

Como testimonio del paso del apóstol, en el territorio diocesano se construyó la iglesia de San Pietro dei Samari, donde se cree que san Pedro bautizó a los primeros fieles.

En la cercana Alezio existía en el siglo XVI una capilla dedicada al primer obispo, que estaba flanqueada por un pozo cuyas aguas eran veneradas como milagrosas y prodigiosas, porque Pancracio había bautizado a los fieles convertidos a la nueva religión.

[3]​ En los cuatro lados del pozo se podía leer la siguiente inscripción: PCAD (Pancratio Callipolitano Antistiti Dicatum = Dedicado a Pancracio, primer obispo de Gallipoli).

El obispo Vincenzo Capece (1596-1620) quiso inmortalizar esta tradición encargando una obra a Gian Domenico Catalano (hoy en la sacristía del santuario de Lizza en Alezio).

El primer obispo atestiguado históricamente, ampliamente compartido por los historiadores, es Domenico, quien firmó un decreto del papa Vigilio en 551 contra Teodoro, arzobispo monofisita de Cesarea.

El académico e historiador Giorgio Otranto, en su obra Italia meridionale e Puglia paleocristiane: saggi storici, afirma que la diócesis se remonta a principios del siglo V o finales del IV.

Es seguro que Gallipoli, hacia finales del siglo VI, era sede episcopal latina.

En época bizantina, Gallipoli era sufragánea de la arquidiócesis de Santa Severina, como atestigua la Notitia Episcopatuum atribuida al emperador bizantino León VI (886-912) y datable a principios del siglo X.

En un tiempo comprendía numerosos territorios como Nardò, Copertino, Galatone, Seclì, Noha, Neviano, Tuglie, Parabita, Alliste, Felline, Taviano y Casarano.

[9]​ En memoria de esta antigua tradición del rito griego observada en la diócesis, durante los solemnes pontificales de santa Águeda presididos por el obispo, el Evangelio es proclamado en griego por el canónigo del cabildo catedralicio.

Es cierto que la diócesis de Gallipoli generó importantes y notorias personalidades religiosas: algunos obispos fueron elevados a la dignidad cardenalicia, como Corrado di Sabina, el cardenal camarlengo Francesco Armellini Pantalassi de' Medici y Andrea della Valle; Alessio Zelodano fue llamado por el papa Julio II como secretario oficial, siendo reconocida su excelente preparación en el campo teológico y filosófico.

[15]​ Es probable que Nardò fuera ya una diócesis en los primeros siglos de la era cristiana.