Su cabecera departamental y municipio más poblado es Nueva Guinea.
Desde la década de los años 1990 del siglo XX, algunos líderes comunitarios han venido impulsando iniciativas y realizando trámites ante la Asamblea Nacional de Nicaragua para la creación mediante decreto legislativo de este departamento.
Sin embargo, a pesar de pertenecer políticamente a la Región Autónoma de la Costa Caribe Sur, administrativamente nunca ha tenido una conexión con el resto de dicha región.
[1] Debido a esto, todas las instituciones gubernamentales,[2] han tenido que crear oficinas administrativas (delegaciones) para atender a la población de los municipios que formarían este departamento; puesto que, no existen vínculos estrechos con el resto de municipios.
El departamento de Zelaya Central está dividido administrativamente en seis municipios: