Poco tiempo después recibió ofertas de Boca Juniors y River Plate; estando Alfio Basile como Director Técnico del club Xeneize, el Cata llegó a Boca Juniors, por alrededor de $3 millones.
También ganó el Clausura 2006, la Recopa Sudamericana 2006, y la Copa Libertadores 2007, haciendo una buena dupla con Claudio Morel Rodríguez.
[cita requerida] El 7 de agosto convirtió su primer gol en su regreso a Boca Juniors, ante el Club Atlético Belgrano.
En esta vuelta al club consiguió 2 títulos un Campeonato Local y la Copa Argentina donde fue clave en el equipo del Vasco Arruabarrena.
Seis temporadas son las que ya lleva en el conjunto azulón antes y después de su vuelta.
Anotó su único gol internacional en el partido jugado frente a Colombia por las Eliminatorias al Mundial Sudáfrica 2010.