[1]​ Se trata de la segunda edición en la que no se permite la participación de equipos filiales en la fase nacional.

Esta fase se desarrollará a nivel autonómico y podrán participar todos los clubes (incluido los filiales,[n. 1]​ de quedar ganador pasaría el siguiente equipo no filial) de Segunda B de la pasada temporada, así como los clubes de Tercera División que no se hayan clasificado bien a la Copa del Rey, o bien a la fase nacional de la Copa RFEF.

[2]​ Copa RFAF 2020-21: Final[3]​ Clasificado a la Fase Nacional Primera Ronda Segunda Ronda Semifinales Final[5]​ Clasificado a la Fase Nacional No disputado No disputado No disputado Cuartos de Final Semifinales (*) El C. D. Azuqueca no pudo disputar el partido.

Final[7]​ Clasificado a la Fase Nacional Semifinales Final[9]​ Clasificado a la Fase Nacional No disputado Primera Ronda Segunda Ronda Cuartos de Final Semifinales (*) La A. D. Llerenense no pudo disputar el partido.

Final[11]​ Clasificado a la Fase Nacional Semifinales Final[13]​ Clasificado a la Fase Nacional Semifinal[15]​ Final[16]​ Clasificado a la Fase Nacional Triangular (Grupo Único)[18]​ Resultados Clasificado a la Fase Nacional No disputado Beti Kozkor K.

[23]​ Clasificado a la Fase Nacional Semifinal[25]​ Final[26]​ Clasificado a la Fase Nacional Triangular (Grupo Único)[28]​ Resultados[29]​ Clasificado a la Fase Nacional La fase nacional está estructurada en cuatro cuadros clasificatorios, cada uno de los cuales se compone de ocho clubes según criterios de proximidad geográfica.

Los equipos vencedores de esta ronda se clasificaron para la primera ronda de la Copa del Rey 2020-21.