En los alrededores de la cueva hay numerosos restos prehistóricos que han sido sistemáticamente expoliados, y tal vez una necrópolis.
La cueva debe su denominación al insurgente carlista Mariano Ceferino del Pozo apodado Boquique, que se refugió en ella en varias ocasiones, la primera durante el trienio liberal y la segunda en 1834, durante la Primera Guerra Carlista.
Numerosas publicaciones se han centrado en la cueva desde que en 1873 Vicente Paredes Guillén la diera a conocer.
A comienzos del siglo XX, Pedro García Faria, un ingeniero, excava la cueva y envía parte de las cerámicas a Pere Bosch i Gimpera, quien las estudia, publicando los resultados.
Desde entonces se han publicado algunas revisiones sobre el yacimiento, llegando a la conclusión de que la cueva fue ocupada en dos momentos distintos del Neolítico Antiguo y el Bronce Final.