Durante gran parte del s. xx se convirtió en el centro de la lucha antiterrorista del gobierno español contra la organización terrorista ETA,[3]​ lo que supuso que 100 de los guardias allí destinados fueran asesinados por la banda.

[6]​ Algunas de las prácticas desarrolladas en el acuartelamiento fueron denunciadas como torturas contra personas detenidas por su vinculación a la organización terrorista,[7]​ siendo probadas en algunas sentencias que tuvieron como máxima expresión la condena a su máximo responsable, el general Enrique Rodríguez Galindo, condenado a 71 años de prisión por el caso Lasa y Zabala.

Inchaurrondo se convirtió en el principal centro de operaciones en la lucha contra la organización.

[15]​ Los guardias civiles destinados en el acuartelamiento recibían un plus en su sueldo por el riesgo de atentados y la presión sufrida por parte del mundo abertzale.

[15]​ Con los años, sus medidas de seguridad fueron fuertemente reforzadas: su entorno fue vallado, se levantaron garitas blindadas en su sólido cerramiento y los accesos fueron fuertemente custodiados con agentes y cámaras de seguridad.

[16]​[17]​ En 1984, Amnistía Internacional hizo sus dos primeras denuncias acerca de las presuntas torturas sufridas por dos detenidos en el cuartel.

[18]​ El máximo responsable era Enrique Rodríguez Galindo, que se incorporó como comandante en 1980 procedente de Cádiz.[n.

[6]​ Los mandos del acuartelamiento incluyen nombres como los de Antonio Tejero,[26]​ Enrique Rodríguez Galindo, Ángel Vaquero, Manuel Sánchez Corbí[27]​ y Francisco Vázquez.

[30]​ El periodista Martxelo Otamendi, director del medio abertzale Euskaldunon Egunkaria que fue clausurado por orden judicial en 2003, denunció ante la justicia que tras su detención en Inchaurrondo fue objeto de torturas y trato vejatorio.