Para construirlo, seis cuadras del barrio de Ballajá fueron expropiadas y demolidas en 1853.
La edificación está preparada para alojar 1,000 personas, originalmente soldados españoles y sus familias.
El Cuartel de Ballajá fue muy utilizado durante la Guerra Hispano-Estadounidense a finales del siglo XIX.
Durante la Segunda Guerra Mundial, el Cuartel pasó a ser parte del Fuerte Brooke de Estados Unidos, y fue usado como hospital militar.
En el primer piso hay varias escuelas de música y baile, así como una biblioteca, entre otras instituciones.