Esta especie fue descrita originalmente en el año 2012 por los zoólogos Thales R. O. de Freitas, Fabiano A. Fernandes, Rodrigo Fornel y Paula A.
[2] Etimológicamente, el término específico ibicuiensis es un topónimo que refiere a la cuenca hidrográfica de la cual esta especie de roedor es endémica, la hoya del río Ibicuí.
Por otra parte, dicha palabra en el idioma tupí-guaraní significa ‘médanos’ lo cual describe bien el hábitat particular de este roedor.
[2] Ctenomys ibicuiensis se caracteriza por un número diploide de 50 cromosomas y un número fundamental autosómico de 68 brazos, con el primer par mucho más largo que en otras especies emparentadas.
[2] Este taxón es incluido en el grupo de especies “Ctenomys torquatus”, el cual es denominado así por la especie Ctenomys torquatus, roedor al que anteriormente las poblaciones de C. ibicuiensis eran adscriptas.