[4]​[5]​ La posición filogenética de Goniomonas y su naturaleza heterótrofa, lo ha llevado a clasificarse en su clase independiente Goniomonadea.

Los estudios genéticos sugieren que el simbionte pudo haber sido un alga roja,[8]​ aunque sus rodoplastos son muy diferentes.

Poseen pigmentos ficobilínicos: ficocianina y ficoeritrina, pero no se presentan en ficobilisomas, sino en el espacio intratilacoidal.

Presentan α-caroteno y predominantemente aloxantina (carotenoide del grupo de las xantofilas), sin embargo falta el β-caroteno.

Evolutivamente, las criptofíceas se habrían originado por simbiogénesis entre una célula heterótrofa huésped y un alga endosimbionte Rhodophytina, lo que constituyó una endosimbiosis secundaria.