Inicialmente estaba subordinada al gobernador militar del óblast de Amur y Primorie (desde 1879 en adelante sólo se subordinaría al gobernador del óblast de Amur).La hueste de cosacos del Amur patrullaba las fronteras a lo largo del río Amur o el río Ussuri (en 1889, se creó una hueste cosaca del Ussuri separada para patrullar el río Ussuri).También proveía de personal a la flotilla Amur-Ussuri, creada en 1897.La hueste de cosacos del Amur tomó parte en la supresión del levantamiento de los bóxers en China, la guerra Ruso-Japonesa de 1904-05 y la Primera Guerra Mundial.Durante la Guerra Civil Rusa, un número considerable de cosacos del Amur lucharon junto con los sóviets.
