El barrio principal del municipio es Enderica (o Enderika), donde están la casa consistorial y la iglesia, emplazado junto a la marisma de Urdaibai.
Otros barrios que conforman el municipio son: Terlekiz, Idiokiliz, Basondo –en otra hoya y donde está la cueva de Santimamiñe–, Elorriaga y Barrutia.
Parece bastante claro que zubi es puente, pero la primera parte del nombre, korte no es tan clara, podría tratarse perfectamente de la palabra korta, que significa cuadra o establo y es muy común en la toponimia vasca, o bien de gorte, korte, relacionado con la palabra corte.
Tradicionalmente el nombre del pueblo se ha escrito como Cortézubi.
Sin embargo, de acuerdo a la ortografía moderna del euskera se escribe Kortezubi y éste es el nombre oficial desde que el municipio recuperara su independencia en 1987.