Tras un inicio en 1944-1953, se disputa desde la temporada 1993-94 como un torneo para el fútbol más modesto, con un formato similar al de la Copa del Rey.

La Sociedad Deportiva Lemona fue subcampeona en dos ocasiones (2011 y 2012) sin llegar a ganarla.

En las dos primeras temporadas que se disputó, sólo accedieron a competir los clubes de Tercera División, mientras que los de categorías superiores disputaban la Copa del Generalísimo.

El fútbol no pudo disfrutar de esta copa hasta los años 90 en los que la federación bajo la presidencia de Ángel María Villar, volvió a darle cabida en el fútbol nacional.

La Copa Federación volvió entonces con un formato de participación y estructura totalmente distinto.

La primera edición, en la temporada 1993-94, de este nuevo formato la ganó el Club Deportivo Puertollano, que además es el club que más copas posee, con 3 ediciones ganadas, todas ellas en la época moderna de la competición.

En la siguiente tabla se muestran todos los clubes que han disputado alguna vez una final de Copa Federación.