Posteriormente se alojó a la comunidad en la Ermita de Santiago, aneja al Hospital de San Bartolomé, donde en 1584 ya formaban comunidad completa.

Con la herencia del capitán Bartolomé Guerra Calderón, donada al convento a través de su único hijo, que profesó en él, se amplió el convento y se edificó un nuevo claustro, que quedó en alberca (sin techumbre).

En 1727 se derrumbó la cubierta de la nave central, permaneciendo en pie el resto del templo.

Sin embargo se optó por desmantear por completo el edificio y en 1748 comenzó a levantarse una nueva iglesia, utilizándose una nave del claustro como iglesia interina.

Actualmente el edificio del convento alberga una bodega, habiendo sido reformado sustancialmente.