[5]​ En 1884 lo abandonaron las monjas debido a su estado ruinoso, de hecho en 1887 el Ayuntamiento tuvo que demoler su ala norte.

[7]​ En el mismo lugar, pero en edificios del siglo XX, continúan existiendo dos instituciones educativas que llevan el nombre de "Cardenal Cisneros".

[15]​ Su fachada está retranqueada, quedando separada de la calle Santiago por un zaguán; en ella se ubican cuatro imágenes talladas en piedra procedentes de dos conventos alcalaínos.

[16]​ El crucero de la iglesia está rematado por una cúpula de tambor; esta cúpula fue destruida cuando el templo y el convento pasaron a manos particulares tras producirse la exclaustración pero fue reconstruida coincidiendo con una campaña de restauración acometida en 2006 gracias a la iniciativa ciudadana.

En él se exhiben piezas artísticas y documentales que testimonian la historia del monasterio y su vinculación con el Cardenal Cisneros, como una copia de su testamento, un bastón nazarí o un relicario en madera con forma de pectoral, legados al monasterio por Cisneros tras su fallecimiento.