[3]​ Tras cuatro meses, se aprobó la orden, y un año después estaban listas las trazas del nuevo edificio.

Tras varios meses recorriendo ambas localidades, se decidió que Calera era la indicada.

[4]​ En 1533 se reanudarían las obras en Calera de León, llegando casi finalizadas al 1553.

[5]​ En el Capítulo General 1560-1562, el rey Felipe II ordenó a los religiosos del Convento de San Marcos de León trasladarse al nuevo convento en Calera mientras se edificaba uno nuevo para ellos en Mérida.

En 1564 fue nombrado nuevo prior Bernardino de Aller, al que se le ordenó el traslado.

A finales del siglo XVIII, el convento se encontraba en un claro abandono.

Sin embargo, el impedimento de los campesinos provocó que en marzo las bóvedas aún no hubieran podido ser trasladadas.

Hubo más proyectos de recuperación parcial del edificio en los años 1971, 1979 y 1981.