[2] El claustro llamado del «Silencio» es el más antiguo de todos y posiblemente corresponda a una construcción civil que, posteriormente, fue englobada en el conjunto conventual.El segundo piso está formado por arcos rebajados que se apoyan sobre columnas muy semejantes a las inferiores.Los elementos arquitectónicos empleados-espejos de pizarra en las enjutas, balaustres, etc., son los usuales en Covarrubias en otras obras del momento.Los muros de los dos espacios están formados por arcos con hornacinas, con lo cual se logra una mayor unidad entre ambos.El acceso más directo desde la iglesia a la sacristía se realiza por una puerta situada en uno de los extremos del lado mayor.Dos años después, muerto Vergara, Juan Bautista Monegro se hizo cargo de los trabajos.Su planta es de tres naves, con coro en alto y presbiterio plano, con dos capillas laterales.Las naves están separadas por tres arcos con pilastras dóricas que sostienen el entablamento, encima del cual se levanta una bóveda de cañón.
