Este convento fue fundado por Santa Teresa de Jesús en 1582,[1] siendo esta la última de sus fundaciones.Santa Teresa encontró dificultades iniciales para crear este monasterio, ante la negativa del arzobispo Cristóbal Vela para autorizar por escrito la fundación hasta que la comunidad de monjas carmelitas contara con casa propia, rentas suficientes para su mantenimiento y consentimiento de las autoridades municipales.Más tarde la comunidad se acomodó temporalmente en Hospital de la Concepción, hasta que pudo trasladarse a la casa adquirida en la vega del Arlanzón.La iglesia actual fue comenzada probablemente en 1588[2] y finalizada en 1597.La espadaña fue añadida, probablemente, en el siglo XVII.
