Durante el siglo XVIII se realizó una reforma importante del edificio, bajo la dirección de José Francisco Badaraco, que confirió a la iglesia su fisonomía barroca actual.Dicha reforma cubre, a través de yeserías y bóvedas encamonadas, distintos elementos constructivos antiguos.Tras la desamortización, se redujeron bastante las dependencias conventuales, que están formadas actualmente por el claustro de planta rectangular manierista y la iglesia.Este convento tuvo una gran importancia en su tiempo por su conexión americana, siendo clave en la formación y envío de frailes hacia América, entre ellos el célebre fray Junípero Serra.En el exterior, destaca la torre fechada en 1699, realizados por el arquitecto Juan Jiménez Mata junto con las portada lateral y el zaguán.
