[5] También hubo controversia sobre el proceso mismo de selección del Panchen; mientras que el 14.º Dalai Lama organizó su propio comité, liderado por Chadrel Rinpoche, el Goberno Central, apoyado por Chatral Rinpoche y otros monjes, abogaba por usar un tradicional sistema de lotería conocido como Urna Dorada.
[9] [8][10]Para muchos tibetanos, el único método legítimo de elección era el tradicional, que incluía una búsqueda por parte de los Khenpos más cercanos al último Panchen Lama guiada por sueños y presagios, y concluyendo con un reconocimiento formal por parte del Dalai Lama, [9] e, incluso, la consulta al Oráculo de Nechung.
[11] Sin embargo, el gobierno chino deseaba controlar el proceso, para lo que pidieron utilizar un grupo de monjes, en lugar de uno sólo, para identificar al grupo inicial de candidatos, seleccionando al azar entre ellos usando la Urna Dorada, y excluyendo al Dalai Lama del proceso por completo.
Luego, en noviembre de 1995, seleccionaron a un niño diferente, Gyaincain Norbu, usando la Urna Dorada, lo que fue criticado por el Dalai Lama.
China continúa reteniendo a Gedhun Choekyi Nyima y su familia en un lugar cuya ubicación no ha sido divulgada al público.
[13][9] Así, fue encarcelado en China, y llevado bajo arresto domiciliario a un campamento militar cerca de Lhasa, donde la Organización de Naciones y Pueblos No Representados informa que murió envenenado en 2011.