A pesar de su feroz apariencia, se cree que fueron animales herbívoros; los "dientes" eran usados probablemente para filtrar plancton.Hoy está ampliamente admitido que los conodontos poseían grandes ojos, aletas con radios, músculos en forma de galón y notocordio.Estas tres últimas características son definitorias del filo cordados (por ejemplo, vertebrados) según las clasificaciones más recientes.[4] No obstante, tales clasificaciones distan mucho de ser seguras; mientras Milsom and Rigby (2004) consideran los conodontos como vertebrados similares en apariencia a las modernas lampreas, opinión ratificada por estudios basados en análisis cladísticos Donoghue et al.Esta característica ha hecho de los conodontos una herramienta útil para las prospecciones petrolíferas en rocas del Cámbrico al Triásico superior.