Su elección se realiza mediante dos tercios de votos de los Intendentes, turnándose los cargos los partidos políticos representados en el Congreso.

Las primeras reuniones tuvieron lugar por iniciativa del intendente montevideano Germán Barbato en 1943.

En 1959, el Concejo Departamental presidido por Daniel Fernández Crespo le dio una Secretaría General.

Este organismo ha sido presidido por otros intendentes a lo largo de la historia como: Uno de los temas que más concitaron la atención del público, fue la instauración de una patente de rodados única a nivel nacional, que significó un diálogo directo entre el Presidente y los gobiernos departamentales.

[3]​ Este episodio no ha quedado aislado, ya que a lo largo de los diferentes periodos y gobiernos, se continuó por esa línea de trato directo entre el ejecutivo nacional y departamental.