Para su desarrollo y provisión, en un primer momento fue adscrita directamente a la Corona.

[1]​ El período colonial desde el siglo XVII se caracteriza por la decadencia del Soconusco, debido al aislamiento, la despoblación y la inestabilidad social que desemboca en sucesivas revueltas: los lacandones ante la cristianización, los zoques de Tuxtla a finales del siglo XVII o el gran alzamiento de los pueblos tzeltales iniciado en Cancuc en 1712 y cuyos efectos se extendieron durante gran parte del siglo XVIII.

Entre 1814 y 1820, la llamada Reacción Fernandina o Sexenio Absolutista, eliminó las Diputaciones, restaurando el sistema intendental anterior.

México envió al General Juan Pablo Anaya, aunque, siempre indulgente, con instrucciones de permanecer en Tonalá evitando en lo posible los choques armados.

Finalmente, se llegó al acuerdo de observar por ambas partes la neutralidad del Soconusco, lo que conllevó la evacuación guatemalteca y la no ocupación mexicana.

Durante varios meses, el estallido de la guerra entre México y Guatemala por la situación del Soconusco estuvo latente.

Los dos países estuvieron dispuestos a envolverse en un enfrentamiento militar con tal de reivindicar sus presuntos derechos sobre aquel territorio.

No puede V.figu- ,rarse Sr. secretario, en el momento en que pongo esta, co- »to están los ánimos de los vecinos de esta población, apo- »yándose á mípara hacer que manifieste su amarga situación, confiando enteramente en mí lo haga todo presente; pero es ,imposible pueda yo, con la cortedad de mis expresiones, lle- „nar los deseos de mis conciudadanos; por cuyo motivo repi- ,to á V. se sirva, por la sencillez con que hablo, interpretar „cuanto pudiera decirle en j'avor de los que se valen de mi pa- »ra manifestar sus sentimientos, no dudando que en esta oca-.

¿Se quie- re todavía una manifestación mas clara y expresiva que es- ta?

[1]​[2]​ [6]​El Gobierno de Guatemala para asegurar su autoridad, y continuar ejerciéndola sin contradicción ni temor alguno, resolvió situar tropas en Soconusco al efecto, salió de Guatemala el 21 de Mayo de 1825 el tniente coronel D. José Pierson, con oficiales, sargentos y cabos para temar en su tránsito alguna fuerza en Quezaltenango; llego á Tapachula , trajo consigo fusiles, parque, eto Soconusco fue liberado por fuerzas guatemaltecas [7]​pero exigió como condiciones precisas que las tropas y autoridades militares de Centro-America evacuasen el territorio de Soconusco; que volviesen los emigrados sin ser molestados ni obliga dos á juramento alguno; que no se sacasen contribuciones de hombres, dinero, ni otra alguna fuera de la especie que fuese, y que no gobernaran otras autoridades mas que las municipales, hasta que se arreglara lo relativo á límites.

En 1881 se plantean problemas con Guatemala cuando su presidente Justo Rufino Barrios reclama las tierras del Soconusco y Chiapas.

La postura inicial del Gobierno de México es no aceptar discusión sobre sus derechos en esa región.

Guatemala manifestó su inconformidad por la anexión de Chiapas y el Soconusco.

En 1882, desde el norte del Petén, los guatemaltecos lanzaron una serie de ataques al territorio mexicano, siendo estos repelidos.

El entonces jefe político del departamento del Petén, Ignacio García Salas, quien inicialmente había lanzado los ataques debido a que deseaba extender sus propiedades para el cultivo del henequén, quiso hacer evacuar de los territorios a las tropas mexicanas alegando que pertenecían a Guatemala no contando con las fuerzas suficientes, las pidió a Guatemala, llegaron al Petén y El entonces jefe político del departamento del Petén, Ignacio García Salas, quien inicialmente había lanzado los ataques debido a que deseaba extender sus propiedades para el cultivo del henequén, quiso hacer evacuar de los territorios a las tropas mexicanas alegando que pertenecían a Guatemala no contando con las fuerzas suficientes