Dos delegaciones, la estadounidense y la israelí, se retiraron de la conferencia por objeciones a un borrador del documento que equiparaba el sionismo con el racismo.
Dicho escrito fue rechazado por los delegados que permanecieron en los días posteriores a la retirada de Estados Unidos e Israel.
Este texto fue criticado por la entonces Alta Comisionada de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos, Mary Robinson.
El bloque occidental, que consistía en ese momento en: Europa occidental, Estados Unidos, Canadá, Australia, Nueva Zelanda y Japón, querían que los objetivos de la conferencia se limitaran a los establecidos en la resolución original.
No obstante, el Grupo Africano, los estados latinoamericanos y los estados caribeños buscaban que los objetivos de la conferencia no se limitaran a los resolutivos, sino que incluyeran elementos relacionados con medidas regionales, nacionales e internacionales para compensar el colonialismo y la esclavitud.
Durante los procesos preparatorios de la conferencia, Sudáfrica solicitó que no se vinculara la compensación económica al apartheid.
La vinculación entre compensación y apartheid fue especialmente controversial al interior del Estado Sudafricano pues se consideraba que tenía el potencial de polarizar a la sociedad sudafricana y producir los mismos efectos negativos que los controvertidos programas de reforma agraria en Zimbabue.
Las delegaciones del Grupo Africano, Armenia y Cuba se opusieron firmemente a ambas propuestas, mientras que el bloque Africano, en específico, afirmó que si el tema se colocaba entre corchetes todo el texto debería de también colocarse entre corchetes.
Esto enfrentaba a los Estados de Europa occidental (incluidas las antiguas potencias coloniales de Bélgica, Francia, Alemania, Italia, los Países Bajos, Portugal), España y Reino Unido) y Estados Unidos contra el Grupo Africano.
Estados Unidos también hizo circular un documento oficioso, pero este resultó ser menos útil que el de la Unión Europea.
[6] Durante las reuniones preparatorias en Ginebra, un texto que vinculaba el sionismo con el racismo se colocó entre corchetes.
Para este momento, Estados Unidos ya había amenazado con boicotear la conferencia si los documentos preparatorios de la misma incluían argumentos que pudiesen interpretarse de una u otra forma como haciendo un vínculo entre el sionismo y el racismo.
[7] Al final de la reunión, los seis párrafos entre-corchetados habrían sido eliminados o difuminados.
Esta fue eliminada pues era vista como una afrenta a la memoria de las víctimas judías del holocausto nazi.
Para este punto, los diplomáticos sudafricanos habían hecho mención a los países árabes y musulmanes que se debía de ofrecer un texto que pudiera describir la situación actual sin utilizar lenguaje como "prácticas de limpieza étnica contra los palestinos".
Los funcionarios alemanes criticaron esta decisión y el Caucus Negro del Congreso estadounidense lo instó a asistir.
[8][9] La delegación estadounidense había mantenido un perfil bajo durante los debates de la conferencia hasta ese momento.
Esta declaración sería echa eco por el delegado estadounidense Tom Lantos quien comentaría que la conferencia habría sido "arruinada por los árabes y los extremistas islámicos", No obstante, algunos observadores considerarían que la retirada de la delegación estadounidense no estaba únicamente relacionada con el lenguaje sobre Israel.
[13] Al final, varios países estaban descontentos con el enfoque del texto sobre el tema, pero todos por diferentes razones.
La delegación australiana no estaba contenta con el proceso y lamentó que "gran parte del tiempo de la conferencia fuese consumido por amargos y divisivos intercambios sobre cuestiones que no contribuyeran en nada a promover la causa de la lucha contra el racismo".
[13] Al final, la redacción del texto fue especialmente cuidadosa para buscar satisfacer a todas las partes.
La palabra "judío", por ejemplo, sólo se utiliza una vez, mientras que "musulmán", "árabe" y "antisemitismo" sólo se utilizan dos veces, una junto con su supuesta contraparte de "islamofobia" y otra junto con la expresión "anti-arabismo".