[3] Los irlandeses pensaron que de este modo podrían hacer frente a la reconquista del país.Otro abogado procedente de Galway, llamado Patrick D'Arcy, fue el que redactó la Constitución confederada.Negociando con los Realistas, los Confederados exigieron que todas las concesiones que se les hiciesen, fuesen ratificadas en función del parlamento irlandés de guerra, el cual se hubiese parecido a la asamblea confederada general, incluyendo a algunos protestantes Realistas.Por este motivo, sus fuerzas permanecieron hostiles con los Confederados hasta 1643, momento en que su posición militar en Inglaterra comenzó a debilitarse.Los radicales Confederados presionaron para que se invirtiese en las colonizaciones, y en el establecimiento del catolicismo como un Estado religioso en Irlanda.Los confederados creían que les convenía mejor aliarse a la causa de los realistas y de ese modo, convirtieron el apoyo al rey como parte central de su estrategia, debido a que el Parlamento inglés, y los Covenanters habían anteriormente a la guerra amenazado con invadir la isla para destruir la religión católica y la clase terrateniente irlandesa.El duque quería negociar un tratado secreto entre los irlandeses y los Realistas para ejecutar un ataque conjunto a los escoceses de Úlster.Sin embargo, la guarnición inglesa de Cork, (que la comandaba Murrough O'Brien, primer duque de Inchiquin, un irlandés protestante raro), objetando el alto al fuego, se amotinó y se declaró en lealtad con el Parlamento inglés.[11] En 1642, los Covenanters desembarcaron también un ejército en Úlster que permaneció hostil con los Confederados y lo mismo hicieron las fuerzas de los colonos británicos.[9] Los suministros significaban que Rinuccini tenía gran influencia en las políticas internas de los Confederados, tal como Owen Roe O'Neill.Muchos de ellos, al estar vinculados o relacionados con Ormonde, creían que el Consejo supremo era poco fiable.Por su lado, los Confederados intentaron eliminar las avanzadas protestantes en Dublín y Cork, pero sufrieron una serie de desastres militares.Además, debía haber un Acta de Olvido o amnistía para todos los actos cometidos durante la rebelión llevada a cabo en las guerras confederadas en 1641[14] (en particular las muertes de los colonos protestantes y que los ejércitos Confederados siguiesen existiendo).Bajo los términos del acuerdo, la Confederación se disolvió, puso a sus tropas bajo los comandantes Realistas e hizo que esta los aceptase.Inchiquinn, el comandante Parlamentario también desertó del parlamento y se unió a los Realistas.Muchos irlandeses continuaron rechazando un acuerdo con los realistas, como fue el caso de Owen Roe O'Neill , que rechazó unirse a la nueva alianza y, en el verano de 1648, mantuvo una breve guerra civil interna contra ellos y contra los confederados.A menudo se debate que esta separación entre rangos confederados representó la división entre gaélicos irlandeses y viejos ingleses.Los nativos demandaban una Irlanda católica e independiente y la permanente expulsión de los colonos ingleses.Oliver Cromwell invadió Irlanda en 1649 para aplastar la nueva alianza de irlandeses Confederados y Realistas.Su estilo parlamentario era similar al de la oligarquía del parlamento irlandés establecido por los normandos en 1297, pero sin estar basado en voto democrático.Con su gran base de poder teórico, los Confederados finalmente fallaron en gestionar y reorganizarse para defender sus intereses.
