Dos años más tarde, el 12 de octubre de 1996, el nuncio papal en España, Lajos Kada, abría el culto concatedralicio en Santa María y los canónigos tomaban sus respectivas sedes en el templo.

Tras este acontecimiento, el segundo arzobispo de Mérida-Badajoz, Santiago García Aracil, consagra el templo metropolitano en el año 2006, coincidiendo con la celebración del 1350 aniversario del primer documento que cita a Mérida como una comunidad cristiana plenamente constituida.

La aprobación se lleva a cabo en un solemne acto en la tarde del 9 de marzo de 2013, acto en el que se inaugura la nueva Sala Capitular y durante el cual se elige al sacerdote diocesano Juan Cascos González, como primer deán de la concatedral emeritense.

El camarín actual se erige en 1766 sobre uno preexistente del siglo XVI mandado levantar por Francisco Moreno Almaraz, conquistador en Perú.

La Puerta de San Juan Macías; se trata de la puerta que daba acceso al templo desde el primer tercio del XVI por el lado septentrional, hoy da acceso a la Sala Capitular.

La Capilla Mayor o presbiterio consta de dos tramos, cubiertos con bóveda de terceletes sobre planta rectangular el primero y en abanico el segundo, con claves decoradas con un florón vegetal y con el Cordero Místico.

Su cabeza va tocada con birrete y viste tabardo cortesano que deja traslucir la camisa.

A los pies le acompaña un perro que porta collar en su cuello.

Se trata del tercero de los conocidos que decoró este espacio.

En ese cuerpo central destaca la imagen barroca de María, en su Asunción, elevada a los cielos por ángeles y querubines entre nubes.

En las calles laterales se integran distintas esculturas provenientes de un antiguo retablo.

Protagoniza un impactante Vía Crucis en la noche del Miércoles Santo en el anfiteatro romano de la ciudad.

Durante unas obras de consolidación del templo, el fresco quedó al descubierto, lo que permitió su estudio y restauración.

En el fresco hay un acusado linealismo y una elemental perspectiva, que fundamentalmente se basa en los dos grandes planos representados, a los que se suma cierta construcción espacial en las líneas oblicuas de la mesa del altar y del sepulcro.

Contiene varias reliquias de santos conseguidas por el Conde siendo embajador extraordinario en Roma.

La imagen a la que se dedica este altar, el Cristo de las Injurias, es un Ecce Homo de exquisita calidad, obra del genial Blas Molner, escultor nacido en Valencia pero que ejerció su magisterio en Sevilla a finales del siglo XVIII, donde llegó a convertirse en arquetipo del neoclasicismo imaginero hispalense.

Esta imagen de candelero, obra del imaginero alcalareño Manuel Pineda Calderón, fue encargada en 1966 por la Real Hermandad y Cofradía Infantil, y procesiona en la noche del Lunes Santo.

La talla, realizada a finales del siglo XVII en madera policromada, sigue la tradición iconográfica inmaculista.

La capilla se encuentra a los pies de la nave del Evangelio.

En la pared de la izquierda se adosa un interesante retablo con tablas en las que se representan a San Ambrosio y San Agustín, Padres de la Iglesia; la Virgen del Rosario y Santo Domingo.

Asimismo, cabe mencionar el cuadro que ocupa la pared frontal, alusivo a la Adoración de los Reyes Magos.

El retablo barroco que podemos admirar actualmente está dedicado a san Antonio de Padua y es posible que proceda del extinto convento de Santa Clara.

Asimismo, cuenta con un primer cuerpo con tres calles, la central en forma de hornacina ocupada por la Virgen de la Candelas, talla en madera sobredorada y policromada del siglo XVI; mientras que a su derecha está san Pedro y a la izquierda san Juan Evangelista.

Adquirido en 1954 en la Casa Flandes de Madrid por doña Batilde Martín, fue cedido a la Real Hermandad y Cofradía Infantil, quien lo procesiona en la noche del Lunes Santo.

Junto al monarca babilónico, había participado en el saqueo Isban, rey de al-Ándalus, quien traería parte del botín a Mérida.

[12]​ Las crónicas cuentan, años después de la conquista de la ciudad, uno de los clérigos del antiguo templo metropolitano, aún destinado al culto cristiano, narraba cómo los árabes entraron en la ciudad llevándose una piedra que hallaron puesta debajo de un crucifijo, que esparcía tal claridad que se podía rezar las horas canónicas sin otra luz que la esparcida por ella.

En cuanto a la legendaria Mesa, hay tantas descripciones como cronistas del mito.

Desde el cristianismo primitivo, la oración litúrgica se practicó mirando hacia la salida del sol, y, por tanto, la orientación arquitectónica de las iglesias se hace con la cabecera hacia el Este.