[4] Fundado en 2006,[5] actualmente milita en el grupo XVI de Tercera Federación desde su ascenso en la temporada 2021-22.
[6] En la temporada 2007-08 el equipo fue inscrito en la Regional Preferente de La Rioja como filial del Logroñés C. F., tras un acuerdo con éstos.
En la temporada 2018-19 lograron su primer ascenso a Tercera División[8] al quedar en segundo lugar.
Este puesto les dio también acceso por primera vez a la siguiente ronda de la Copa del Rey.
[10] Desde su primer ascenso, el Comillas C. F. se convirtió en un equipo ascensor, alternando años en Tercera y en Regional Preferente.