El Comando en Jefe de la Armada (CEJA), creado en 1968, fue el comando en jefe de la Armada de la República Argentina con asiento en el Edificio Libertad.

Bajo su dependencia quedó la Prefectura Naval Argentina (PNA) en 1969.

Fue su primer comandante en jefe el almirante Benigno Ignacio Marcelino Varela.

[6]​ En 1969, la Prefectura Naval Argentina (PNA) pasó a depender del Comando en Jefe de la Armada (Ley N.º 18 398, sancionada el 10 de octubre de 1969 y publicada el 28 del mismo mes y año).

[8]​ Tuvo sede en el Edificio Libertad de Retiro, construido en 1967 y ocupado por el Comando en Jefe de la Armada a fines de 1969.