El Comando en Jefe de la Fuerza Aérea fue el órgano de conducción superior de la Fuerza Aérea Argentina (FAA), creada en 1945.

Fue disuelto en 1983/84 y reemplazado por el Jefe de Estado Mayor General de la Fuerza Aérea (JEMGFA).

El 11 de octubre ese año, el organismo volvió a llamarse «Comando en Jefe» por Decreto N.º 2432 (Boletín Militar Reservado N.º 2312) y Ley N.º 23 023.

[6]​ Durante la intensificación del terrorismo de Estado a partir de 1976, la Fuerza Aérea tuvo bajo su jurisdicción solo a la Subzona 16, cuya dirección fue asumida por el Comando de Agrupaciones Marco Interno, cuya dirección corrió a cargo del comandante de Operaciones Aéreas, que a su vez dependía del Comando en Jefe.

[7]​ El Comando en Jefe de la Fuerza Aérea, conducido por el brigadier general Basilio Lami Dozo, dirigió las operaciones de la Fuerza Aérea Argentina durante la guerra de las Malvinas de 1982.