Tradicionalmente se cree que su nombre significa "colinas, montañas y agua".

Etimológicamente, su nombre proviene del dialecto lenca "Potón"de los vocablos, Colo (Pueblo o lugar habitado), Mon (Conejo), ca (piedra o roca), gua (de guara: río),lo interpretamos como:"Pueblo del río, de las piedras y conejos".

En 1671, le dieron categoría de Municipio, pertenecía a Gracias.

En 1969, cuando sucedió un breve conflicto armado entre la república de El Salvador y Honduras en este municipio no se suscitaron eventos.

En la Guerra Civil Salvadoreña en la década de los años 1980 y principios de los años 1990 en este municipio se refugiaron muchas personas alejándose del conflicto interno salvadoreño.