En la actualidad, sus restos se encuentran profundamente transformados en el Palacio del Senado.

En abril de 1590, Alonso de Orozco junto con otros dos agustinos[Nota 1]​ se traslada a unas casas provisionales en la casa del Reloj, dándose así inicio al conocido como colegio chico, predecesor del todavía inacabado colegio.

[Nota 2]​ A pesar de esta medida de presión, la fundadora les obligó a firmar una escritura en la que se establecía que con ello no ganaban ningún derecho.

En el memorial de los agustinos en este pleito se indica que continuaban las obras.

Posteriormente, en septiembre de 1813, se habilitó la iglesia como local para las Cortes del Reino.

Durante el Trienio Liberal la iglesia volvió a ser convertida en sede de las Cortes.

El colegio se dedicaría a sede del Estamento de Próceres, cámara alta prevista por el Estatuto Real.

Su función de sede de la cámara alta se mantiene hasta la actualidad, aunque el edificio se transformó en Palacio del Senado.

En la fachada exterior de la iglesia se disponía una portada compuesta por dos columnas dóricas rematadas por un frontón, sobre la misma, en un nicho se disponía una estatua de San Agustín.